水中微生物检测主要针对拟用作饮用水或饮用水的样品进行，检测的目的是判断水是否可以饮用。水中存在的细菌主要有三种类型：
1、水中自身携带的细菌；
2、土壤中常驻菌；
3、寄生于人和其他动物肠道的正常菌。
水中的主要细菌通常是革兰氏阴性菌(包括假单胞菌、黄色杆菌、噬菌体菌、不动菌、色素杆菌等)，但也有革兰氏阳性菌)棒状杆菌、微球菌、杆菌。水中少数细菌不易培养，但多可在CPS培养基等低浓度培养基上生长。
水中大多数微生物不能在标准营养琼脂或平板计数琼脂上生长。这些微生物的佳生长温度在25以下。此外，在平板培养14d营养琼脂或平板计数琼脂上生长的细菌数量往往只有在CPS培养基上生长数量的1/10。土壤中的常驻菌被雨水冲洗后，在溪流、池塘等处。这些细菌包括芽孢杆菌、链霉菌和肠杆菌科的肠杆菌。它们的佳生长温度为25左右，可以在营养琼脂或平板计数琼脂上生长。
CPS培养基上活菌计数的结果取决于水样的来源。未受污染河水样本在平板上生长的菌落数量相对较少，约为100个/mL。暴雨后大量土壤微生物被河水冲刷，但平板菌落数量的多少取决于河水的温度。
城镇下游水样中细菌数量普遍较多，部分原因是污水和工业用水排入河流。城镇河流入口处取水样检验，细菌数量超过106/mL，但一般受污染河流细菌数量约104~2X105/mL的未污染湖泊和水库菌落总数一般不超过100个/mL，该数值受水温影响未受污染深井水正常情况下，菌落总数约在100个/mL以下，发生污染，如井漏，菌落数可能较高，但一般仍以104个/mL以下平板计数琼脂时，菌落总数。
