在某些情况下，水体中的细菌总数也可指示水体受粪便等污染物污染的情况。这里的细菌总数其实是指营养琼脂培养后形成的菌落总数。目前世界各国对于控制饮用水的卫生质量，除采用大肠菌群等指标外，一般还采用细菌总数这个指标。
开展微生物监测时，一般选择有代表性的一种或一类微生物作为指示微生物；通过对指示微生物的检测，来了解水体是否受到过的微生物污染。在实际工作中，通常以检验细菌总数、总大肠菌群、粪大肠菌群、大肠埃希氏菌、肠道病毒等作为指示微生物，来间接判断水的卫生学质量。同时，结合高锰酸盐指数、BOD,COD,DO,氨氮及氮磷等理化指标也可以综合反映环境中污染的水平。此外，微生物的生长、繁殖量和其他生理、生化反应也是鉴定微生物生存的环境质量优劣的常用指标。
水中微生物检测系统是一台完整的、独立的“箱中实验室”，其的实时检测、实时发送测试报告功能，提供实验室级别的测试结果。
通过定量检测水体中的三磷酸腺苷浓度，计算和管理MLAVSS来提供污水运营优化和管理的参考数据。
所有生命体细胞中都含有ATP，样品中ATP浓度的测定可以直接反映微生物的浓度及活性。水体中ATP包括胞内ATP，即生命体细胞中含有的ATP，及胞外ATP，即凋亡微生物释放出溶解于水中的ATP，通过分别测得总ATP和胞外ATP浓度，即可得到胞内ATP含量，从而计算出活性微生物浓度。
通过检测和计算，可以得到4个体现曝气池微生物反应性能的有效数据，包括：
1.细胞ATP（cATPTM）——代表活性微生物中的ATP浓度，这个数据直接指示活性微生物数量，可用来换算MLAVSS浓度；
2.微生物威胁指数（BSITM）——表示污水毒性对微生物造成的威胁。
3.活性生物量比例（ABR?）——代表生物反应器中活性微生物和总悬浮物固体的比例，优化ABR可带来一系列的降低曝气成本和提高污泥健康度等益处。
4.膨胀絮凝物ATP（s-fbATP?）——代表膨胀絮凝物中微生物的ATP浓度，此方法可以提供污泥膨胀的早期预警，让运营者可以比SVI更提前预知污泥膨胀的发生可能。
水中微生物检测系统使用说明：
1、菌落总数测定中，应选择合适的稀释度进行。生活饮用水，国家标准规定每毫升不得超过100个，因此可以直接吸取1毫升到平板进行培养。
2、培养时间。与食品中菌落计数不同，测定水中细菌总数，培养时间采用24h。
3、总大肠菌群的测定方法，由于饮用水和水源水可能的污染程度不同，因此采用不同的接种量，检数表也不相同。
4、当接种量超过1毫升时，一般采用多倍浓度培养液。如配制3倍浓缩乳糖蛋白胨培养液50mL，加入100mL水样后，总体积为150mL，培养液恢复到正常浓度。
5、滤膜法检测总大肠菌群，一般在检测较大量低浊度水样时采用，大量水样滤过滤膜后，水中所含有的所有细菌均截留在滤膜上。
